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Vous trouverez ici de l'information sur l'électrophorèse bidimensionnelle, la technologie DiGE ainsi qu'une description des appareils mis à votre disposition sur le plateforme.
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L'electrohphorèse bidimensionnelle et la technologie DiGE
Qu'est-ce que l'électrophorèse 2-D?
L'électrophorèse bidimensionnelle (2-D) est une technique de séparation des composants d'un mélange complexe de protéines sur gel d'acrylamide selon leur point isoélectrique et leur poids moléculaire. Selon la complexité d'échantillon, la résolution d’un gel 2-D peut être jusqu’à 10 fois supérieure à celle d’un gel SDS-PAGE équivalent. L’analyse d’un gel 2-D donne une image à haute résolution de la composition protéique de l’échantillon (isoformes, variants d'épissage, etc…), des modifications post-traductionnelles et de l’abondance relative des espèces protéiques présentes dans l’échantillon.
Qu'est-ce que le DiGE?
L'électrophorèse différentielle (DiGE) est une modification de la technique d’électrophorèse 2-D. Deux ou trois échantillons sont marqués avec différents colorants fluorescents avant la séparation. Cela permet une analyse précise des différences d'abondance de chaque espèce protéique entre les échantillon.
Au CIAN, nous utilisons les colorants CyDyeTM DIGE Fluor (Cy2, Cy3, and Cy5), qui présentent les caractéristiques suivantes:
| Taille et charge calibrées | Une fois marquée, une protéine de différents échantillons migrera à la même position, quel que soit le colorant utilisé |
| Insensible au pH | Signal stable quel que soit le pH utilisé pour première dimension (IEF) et patron de migration identique en gels de SDS-PAGE |
| Propriétés spectrales résolues | Signal distinct pour chaque fluorophore. |
| Très sensibles et très brillants | Seuil de détection de 125 pg de protéine |
| Photostables | Perte minimale de signal pendant le marquage, la séparation et l’analyse par scanneur |
Les avantages du DiGE sur la 2-D traditionnelle
| Expériences en multiplex | Les échantillons marqués sont mélangés puis séparés sur le même gel. La variation inter-gel est ainsi complètement éliminée pour des échantillons sur le même gel de DiGE, et le nombre de gels requis par expérience s’en trouve réduit d’un facteur deux à trois). |
| Comparaison inter-gels | Un des trois échantillons sur un gel de DiGE peut être un mélange de tous les échantillons expérimentaux en quantités égales (un mélange de contrôles internes). Ceci crée un standard pour chaque protéine présente dans les gels. Par conséquent, des comparaisons entre gels peuvent être effectuées avec fiabilité. |
| Manipulation aisée | Les grands gels sont difficiles à manipuler. Dans le DiGE, les protéines sont pré-marquées. Ainsi, les gels DiGE n’ont pas à être manipulés après électrophorèse. De plus, le scanneur utilisé pour la formation des images accepte le montage complet du gel et des plaques. Ceci réduit la variation inter-gels, et le risque d'endommager ou de détruire les gels. |
Les avantages du DiGE au CIAN
| Réactifs fournis | Vous n’avez qu’à apporter vos échantillons. |
| Meilleur prix possible | Puisque nous sommes une plateforme de service, nous commandons de larges quantités de CyDyes et bénéficions de meilleurs rabais que ceux que pourrait obtenir un seul laboratoire. Ceci assure nous utilisateurs des prix les plus bas. |
| Soutien technique | La formation est assurée par notre coordinatrice du DiGE. |
| Outils d’analyse disponibles | L’analyse peut être réalisée sur place avec le programme Decyder. |
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Notre Équipmement 2-D/DiGE and le Scanneur de Fluorescence
 | 1ère dimension:IEF: IPG-PhorII (GE)Protean IEF (BioRad) |
 | 2ème dimension:GE Ruby SE600 (16x16cm)GE Ettan DALTsix (26x20cm) BioRad Criterion pre-cast (13x9cm) BioRad Protean (8.6x7cm) |
 | Scanneur de Fluorescence:GE Typhoon Trio+ Scanner Logiciel d'Analyse:GE DeCyder pour le gels DiGE |
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